Huỳnh Công Lý, chưa rõ thân thế, chỉ biết ông ra làm quan từ thời vua Gia Long, được phong tới tước Lý Chính hầu.

Tháng 2 năm Nhâm Tuất (1802), Huỳnh Công Lý được Nguyễn Ánh sai làm Vệ úy thuộc dinh Túc trực, coi 10 đội với 500 quân.

Tháng 10 năm Gia Long thứ 10 (1811) Vệ úy Huỳnh Công Lý đi làm Trấn thủ Bình Định.

Tháng 9 năm Gia Long 14 (1815), Huỳnh Công Lý được gọi về kinh làm Tả thống chế coi 5 vệ binh.

Tháng 11 năm Ất Hợi (1815), Tả thống chế Thị trung là Huỳnh Công Lý xin mộ dân ngoại tịch ở Bình Định lập làm đội Thái hương, hằng năm nộp trầm hương mỗi người 1 cân. Việc này được vua Gia Long ưng chuẩn.

Tháng 10 năm Đinh Sửu (1817), Huỳnh Công Lý lại cùng với Tôn Thất Bính mộ dân ngoại tịch sung vào vệ Nội hầu và các đội Túc trực.

Tháng 7 năm Mậu Dần (1818), Huỳnh Công Lý được bổ làm quan cai trị đất Gia Định: “Lấy Đô thống chế Tả dinh quân Thần sách là Lê Văn Phong làm Phó tổng trấn Bắc thành, Tả thống chế Thị trung là Hoàng Công Lý làm Phó tổng trấn Gia Định”. Huỳnh Công Lý được sai làm Phó tổng trấn Gia Định thành phụ giúp Hữu quân Nguyễn Huỳnh Đức đang lĩnh chức Tổng trấn. Đương thời, Trịnh Hoài Đức đang làm Hiệp tổng trấn, chuyên lo việc hành chính.

Đến khi con gái ông được tuyển vào cung, được vua Minh Mạng phong làm phi (Huệ phi), ông càng được tin cậy.

Tháng giêng năm Kỷ Mão (1819), đời vua Gia Long, Huỳnh Công Lý nhận lệnh chỉ huy việc đào kinh. Sách Quốc triều sử toát yếu (Chính biên) chép:

…Khiến Phó tổng trấn Hoàng Công Lý đem 10 vạn dân, cấp tiền gạo đào sông từ thành Phiên An thông đến sông Mã Trường Giang [1]. Đào xong rồi, Ngài (Gia Long) đặt tên là An Thông Hà. Đàng sông đã thông, thuyền bè qua lại đêm ngày, chỗ ấy thành một chỗ đô hội lợi ích cho dân lắm [2].

Ngoài ra, trong khoảng thời gian này, Huỳnh Công Lý còn hỗ trợ trấn thủ Định Tường Bửu Thiện hầu Nguyễn Văn Phong lấy hơn 9000 dân nạo nét sông Bảo Định ở Mỹ Tho[3] (đào cho kinh Vũng Gù ở cửa sông Vàm Cò Đông (Tân An) thông với sông Tiền ở Mỹ Tho).

Đánh dẹp quân Sư Kế

Tháng 10 năm Kỷ Mão (1819), Tổng trấn Nguyễn Huỳnh Đức chết. Gia Long cho Chưởng hữu quân Nguyễn Văn Nhân thay. Cuối năm Kỷ Mão (đầu năm 1820), vua Gia Long qua đời, sau đó Nguyễn Phúc Đảm lên nối ngôi, đặt niên hiệu là Minh Mạng. Nguyễn Văn Nhân xin về kinh chịu tang, cho Trịnh Hoài Đức giữ ấn quyền Tổng trấn.

Tháng 5 năm Minh Mạng 1 (1820), lấy Lê Văn Duyệt làm Tổng trần Gia Định. Một tháng sau, Trịnh Hoài Đức được triệu về Kinh.

Tháng 7 (âm lịch) năm ấy, bên nước Chân Lạp có một thầy tu tên là Kế (sử Việt thường gọi là Sư Kế) vận động những người dân bất mãn ở xứ ấy tràn sang sang đánh phá vùng Quang Hóa, Quang Phong, Thuận Thành (đều thuộc trấn Phiên An). Phó tổng trấn Huỳnh Công Lý liền sai Đào Quang Lý mang quân đi cản phá không được.

Được tin báo, nhà vua mới liền sai Tả quân Lê Văn Duyệt trở vào Gia Định để cùng Hoàng Công Lý lo việc đánh đuổi. Duyệt sai Huỳnh Công Lý đi đánh giặc Kế cướp phá trên các đạo Quang Hóa, Quang phong và Thuận Thành (vùng biên giới Tây Ninh). Huỳnh Công Lý thắng trận.

Đề cập đến vụ việc này, Sách Quốc triều sử toát yếu (Chính biên) chép:

Quan trấn Phiên An là Đào Quang Lý đánh không được, giặc càng hung dữ, cướp phá khắp nơi. Khi Lê Văn Duyệt đến, sai Hoàng Công Lý đem quân đánh và tư cho nước Chân Lạp thêm binh giúp sức, giặc thua chạy, Lý đem quân về...[4]

Đại Nam thực lục thì ghi[5]:

Sư Kế nước Chân Lạp cướp phủ Thời Thu. Quan Phiên là Vị Bôn Lịch bị thua chết. Tham Đích Tây[6], Kế Luyện[7], Na Côn[8] đều làm phản theo giặc. Quân giặc tiến sát đến thành Nam Vang. Có thư của vua Phiên cáo cấp. Lê Văn Duyệt sai Đô thống chế Nguyễn Văn Trí và Trấn thủ Vĩnh Thanh Nguyễn Văn Thuỵ đem hơn 1.000 quân đến cứu viện. Lại sai Chưởng cơ Phan Công Nghĩa, Vệ uý Lê Kim Nhượng, Cai cơ Trần Văn Hạnh, Nguyễn Văn Tuyết đem thêm quân đến để tiếp ứng.

...

Đảng giặc Chân Lạp đã dẹp hết. Sai rút binh Gia Định về. Đầu là bọn Vệ uý Lê Kim Nhượng và Trần Văn Quế đuổi đánh dư đảng của sư Kế ở Lang Sóc (tên đất), phá luôn được, giặc tan tác hết. Bọn Tham Đích Tây, Kế Luyện Na Côn lần lượt về hàng.

Bị xử chết

Tuy lập được công, nhưng ngay sau đó Huỳnh Công Lý bị tố cáo là có hành vi tham nhũng. Theo đơn khiếu kiện của một số quân lính thì ông đã lợi dụng chức quyền để vơ vét tiền của dân chúng và của họ. Tổng trấn Lê Văn Duyệt đã khởi tố vụ án, vụ việc được ông chuyển ra Huế

Sách Đại Nam thực lục chép:

Năm Minh Mệnh thứ nhất (1820), tháng 9...Phó tổng trấn Gia Định là Hoàng Công Lý tham lam trái phép, bị quân nhân tố cáo hơn mười việc. Lê Văn Duyệt đem việc tâu lên. Vua bảo Nguyễn Văn Nhân và Nguyễn Văn Xuyên rằng: "Không ngờ Công Lý quá đến thế, công trạng nó có gì bằng các khanh, duy nhờ Tiên đế cất nhắc, ngôi đến phó Tổng trấn, lộc nước ơn vua, thực không phải bạc, thế mà lại bóc lột tiểu dân, làm con mọt nước. Nay tuy dùng phép buộc tội, nhưng dân dã khốn khó rồi."

Sau khi hội bàn với đình thần, nhà vua bèn cho bắt giam Huỳnh Công Lý, rồi sai Thiêm sự bộ Hình là Nguyễn Đình Thinh đến Gia Định để tra xét án [9]Kết cuộc, ngoài số tiền tham nhũng trên ba vạn quan, Nguyễn Đình Thinh còn phát hiện trong thời gian làm quan ở Huế, Huỳnh Công Lý đã bắt lính xây dựng ba cửa hàng gạch ở bên bờ sông Hương để tư lợi.

Đình thần luận tội, khép Huỳnh Công Lý vào tội chết. Sau khi án được nhà vua phê thuận, tháng 5 năm 1821, Huỳnh Công Lý bị xử tử tại Gia Định, số tài sản tham nhũng được chi trả lại cho quân lính và người dân bị bốc lột, cửa hàng ở Huế thì được bán để lấy tiền giúp cho cấm binh, còn con gái ông là Huệ phi bị đuổi ra khỏi cung về làm dân thường [10].